Tako omega-3 kot omega-6 maščobne kisline spadajo v skupino nenasičenih maščobnih kislin. Z ustreznim razmerjem in količino omega-3 in omega-6 maščobnih kislin v naši prehrani vplivamo na številne fiziološke procese, ki jih te maščobne kisline regulirajo preko hormonskega sistema. Gre za tako imenovane eikozanoide, ki se tvorijo iz EPK (omega-3) in iz AK (omega-6). Glede na vrsto maščobne kisline, iz katere eikozanoidi nastanejo, se med seboj razlikujejo v vlogi in intenzivnosti delovanja. Eikozanoidi sodelujejo pri vnetnem odzivu, pri nastanku bolečine in vročine, pri uravnavanju krvnega tlaka in strjevanju krvi, zmanjšujejo sekrecijo želodčne kisline, sodelujejo pri uravnavanju reproduktivnih funkcij ter uravnavajo ciklus spanja/budnosti. Tisti, ki nastanejo iz AK močno pospešujejo zlepljenje trombocitov, zvišujejo krvni tlak, stimulirajo imunski odziv organizma in vnetne procese. Eikozanoidi iz EPK imajo na omenjene procese obratne učinke (Salobir, 2001).
S sodobnim »zahodnjaškim« prehranjevanjem smo porušili razmerje med omega-3 in omega-6 maščobnimi kislinami, v prid omega-6 maščobnih kislin. Pri naših daljnih prednikih, lovcih in nabiralcih, naj bi bilo to razmerje 1:1, z današnjim »zahodnjaškim« načinom prehranjevanja pa se le-to giblje okoli 1:20, predvsem na račun prenizkega prehranskega vnosa omega-3 maščobnih kislin oziroma na drugi strani previsokega prehranskega vnosa omega-6 maščobnih kislih.
Esencialne maščobne kisline se nahajajo v različnih živilih, dolgoverižne maščobne kisline, kot so AK, EPK in DHK pa najdemo pretežno le v živilih živalskega izvora. Posameznikom, ki se poslužujejo celostne rastlinske prehrane, zato svetujemo suplementacijo dolgoverižnih maščobnih kislin, predvsem DHK, s prehranskimi dopolnili.